Conocer los detalles de las secuencias de ADN es fundamental para el avance científico. Este proceso se ha visto fuertemente desarrollado en los últimos tiempos, lo que ha acelerado significativamente la investigación y los descubrimientos en diversos campos científicos.
Las técnicas actuales, que permiten realizar esta secuenciación a gran velocidad, ha sido de gran importancia para proyectos a gran escala, comenzando con el Proyecto Genoma Humano –que tomó un período cercano a los 10 años y una gran inversión- a iniciativas que permiten descifrar la información genética de diversas especies en un tiempo mucho más reducido.
Conscientes de esa importancia, investigadores del Centro Interdisciplinario para la Investigación en Acuicultura (Interdisciplinary Center for Aquaculture Research, INCAR) de la Universidad de Concepción, adquirieron recientemente un secuenciador masivo, equipo de alta tecnología y el primero para secuenciación genómica que está instalado en el Sur de Chile, y el tercero en el país. El secuenciador masivo funciona actualmente en el laboratorio de Biotecnología y Genómica Acuícola del Centro de Biotecnología UdeC.
Cristian Gallardo, subdirector de INCAR, explicó que este equipo “si bien es cierto está pensado para temas de acuicultura, también tiene la finalidad de permitir que investigadores de la UdeC, de otras especialidades, puedan generar proyectos genómicos en las áreas de biomedicina, farmacia o recursos naturales, liderando investigación genómica de trascendencia”.
El equipo de secuenciación masiva, marca Illumina Miseq, tiene la capacidad de generar una cantidad de información equivalente a cinco genomas humanos y significó una inversión de 100 millones de pesos, a lo que se suma el equipamiento accesorio por otros 150 millones de pesos. “Por otra parte, se han formado al interior de la UdeC especialistas en el manejo de este equipamiento, que es muy sofisticado”, dijo el Dr. Gallardo.
El ADN del piojo de mar
El secuenciador masivo ya está en funcionamiento y, en el marco del INCAR, los investigadores lanzarán la primera publicación con la secuenciación del Caligus rogercresseyi (conocido comúnmente como piojo de mar), un parásito que ataca la salmonicultura y que genera, anualmente, pérdidas cercanas a los 480 millones de dólares anuales.
El Dr. Gallardo, quien es además investigador principal en la línea Tecnología Genómica en Acuicultura del INCAR, explicó que este artículo es un importante aporte a la comunidad científica internacional con la descripción del primer transcriptoma de este parásito.
“Esta investigación permitirá mejorar el tratamiento de esta plaga. Una de las cosas que se hacen actualmente en salmonicultura es aplicar insecticida sobre estos piojos de mar. Ello acarrea no sólo problemas ambientales, sino que un gran costo económico, lo que lo hace poco sustentable. Por otra parte, con el tiempo, estos parásitos generan resistencia a los insecticidas que se les aplican, haciéndolos inservibles. Con la información genética que hemos descifrado, se podrá ver la parte del genoma que estaría, por ejemplo, implicado en esa resistencia. También se podrá ver si existen diferencias en las poblaciones de estos piojos que afectan los centros de cultivo, para descubrir qué tan distintos son, a nivel genético, entre ellos. Es un tema de sustentabilidad fuerte que nuestro Centro va a atacar a través de esta tecnología de última generación”, dijó.
Entre otras investigaciones que se van a desarrollar al alero de este nuevo equipamiento está la obtención del genoma del congrio -especie emblemática de Chile, que está siendo cultivada de forma comercial-, para poder entender aspectos relativos a sus enfermedades, reproducción, de modo de mejorar su proceso de cultivo.
“El equipo de secuenciación masiva permitirá, también, trabajar con enfermedades importantes para los salmones, de modo de entender sus mecanismos de defensa y cómo ocurre la infección de estos patógenos. Ese es también un tema importante de sustentabilidad, ya que si se entiende cómo atacan los patógenos, se puede evitar un uso indiscriminado de antibióticos –que es una de las grandes críticas que se le hace a la salmonicultura chilena-, y se pueden ensayar mejores vacunas o mejores métodos terapéuticos para evitar la propagación de enfermedades, principalmente el Virus ISA y el patógeno bacteriano causante de la enfermedad SRS”, explicó el Dr. Gallardo.
Finalmente, el investigador señala que este equipamiento también será utilizado en aspectos nutricionales. “Por ejemplo, uno de los problemas de sustentabilidad en la acuicultura es que a los salmones se les alimenta con proteína de origen animal. Ello implica liquidar todos los stocks de peces que hay en el mar para convertirlos en los pellets que comen los salmones, lo que es un tema de sustentabilidad muy complejo. Siempre se les ha querido dar proteínas de origen vegetal; sin embargo, los salmones no las aceptan porque no están preparados evolutivamente para recibir ese tipo de proteínas. Esto nos permitirá entender los mecanismos, a nivel de la fisiología digestiva de los peces, que eviten que ocurra eso. Para eso se han incorporado investigadores postdoctorales al INCAR que se dedicarán a ese tema”, dijo el Dr. Gallardo.
En ese sentido concluyó señalando que, aparte de traer la tecnología, ha llegado recursos humanos muy valiosos de España, Portugal y Japón.